Пустыня (англ. Desert) — тёплый биом, состоящий из песка, на котором расположены кактусы и сухие кусты.
В пустыне почти нет растений — есть только кактусы и сухие кусты. В этом биоме в основном обитают только кролики; однако, если игрок нашёл деревню, то может встретить там жителей, кошек, коров, овец и свиней. Пустыня имеет в основном плоский рельеф, поверхность которого состоит из песка. Для того, чтобы песок не падал в пещеры, под ним генерируется песчаник. Здесь нет многих полезных ресурсов, которые можно было бы найти в других биомах, но зато в пустыне находится большое количество структур: деревень, храмов, ископаемых останков, колодцев и аванпостов разбойников. Деревни и храмы могут послужить временным жилищем и хорошим источником ценных предметов. Кроме рек, воду можно найти в деревнях и колодцах. Если раскопать ископаемые останки, то можно добыть много костных блоков и костной муки. Аванпосты разбойников — единственные источники древесины на поверхности пустыни.
Пустыни обычно находятся рядом с саванной, пустошью и тёплым океаном. Иногда они могут генерироваться около джунглей и равнин, редко — около холодных биомов. Невзирая на то, что в пустыне много структур, выживать здесь трудно из-за нехватки многих полезных ресурсов, вроде древесины. Тем не менее, палки можно добыть из сухих кустов. Ночью в этом биоме вместо зомби появляются кадавры — помимо урона, они наносят игроку эффект «Голод» и не горят при солнечном свете.